A partire dal IX secolo il centro agricolo di Gonzaga era noto per la sua posizione strategica e la grande fertilità del terreno, tanto da arricchire quella famiglia Corradi che, una volta conquistato il potere a Mantova, cambiò il proprio nome in quello del paese d’ origine: i Gonzaga, la signoria di Mantova.
Già prima dell'anno 1000 la Corte di Gonzaga comprendeva un fortilizio e una piccola cappella. I proprietari della Corte di Gonzaga erano i Canossa, famiglia di origine Longobarda. In questo periodo storico ha origine il Palio cittadino, evento in cui affondano le radici più antiche della fiera. Questa fiorirà a seguito di un fatto storico accorso a Francesco II Gonzaga, Marchese di Mantova nel 1490. Rimasto incolume in un incidente a cavallo sulla via per Reggiolo, decise di erigere il convento di Santa Maria e dedicare un giorno di festa (che fu individuato nel 8 settembre dal 1498) celebrandola con il commercio di beni senza pagamento di dazi attorno alla struttura.

L’evento, come molte fiere del XV Secolo crebbe velocemente di importanza, grazie al volume di affari trattati in questa parte della Pianura Padana, posta in terra di confine con il reggiano, il modenese, ed il mantovano. Nel 1580 il Duca di Mantova e Monferrato Guglielmo Gonzaga, disciplinò la manifestazione sotto il profilo strettamente commerciale, ufficializzandone l'importanza strategica per l'economia della signoria e dei territori coinvolti.

La manifestazione continuò la sua ascesa dal punto di vista economico, tanto da sopravvivere nel '700 al declino della famiglia Gonzaga, perfino durante la dominazione asburgica, e già nel '800 si rende riconoscibile come evento dedicato al mondo agricolo ed in particolare al commercio di bestiame. Nel 1913 la manifestazione assume i sui tratti moderni di manifestazione dedicata all'agricoltura prendendo il nome di “Fiera merci e bestiame”, ma solo dal 1931 il Comune di Gonzaga entra direttamente nell'organizzazione, mettendo la propria impronta proponendo per la prima volta l’esposizione di macchine agricole.
Dall’edizione del 1946 la manifestazione assume definitivamente il nome di “Millenaria” e diviene manifestazione di rilevanza nazionale per quanto riguarda il mondo agricolo, con importanti eventi folkloristici e la partecipazione di numerose personalità. Nel 1997 nasce la società Fiera Millenaria di Gonzaga srl che gestisce direttamente la manifestazione di settembre ed il polo fieristico con un ricco programma di eventi.